Selon l'enquête, le MH17 aurait été abattu depuis une région contrôlée par des rebelles par un système de missiles Bouk venu de Russie. Néanmoins, les enquêteurs ont refusé de rendre publiques des preuves essentielles pour des raisons de sécurité.
Faisant état de leurs découvertes, les enquêteurs ont déclaré qu’ils ne divulgueraient pas toutes les informations et preuves réunies. «Nous ne pouvons pas et ne voulons pas tout vous dire, parce que cela peut compromettre l’enquête et [des éléments] se retrouver entre les mains des coupables», ont-ils expliqué.
Des témoins anonymes

Selon l’enquête, le missile Bouk a été transporté en Ukraine depuis la Russie dans un semi-remorque et apporté sur le site de lancement présumé. La pierre angulaire de cette conclusion tient en des preuves libres d'accès et «des déclarations de témoins». Néanmoins, les enquêteurs n’ont préféré révéler l'identité d'aucun de ces derniers sous prétexte de sécurité.
Les enquêteurs ont aussi mentionné des témoignages évoquant une trainée de fumée après le lancement du Bouk. L’équipe d’enquêteurs dirigée par les Pays-Bas n’a publié aucune vidéo attestant de cette autre preuve.
Interceptions de conversations téléphoniques
Hormis l’utilisation de témoignages, les enquêteurs ont analysé «environ 150 000 conversations téléphoniques interceptées», mais en ont présenté seulement une infime partie. Dans l’une de ces conversations est évoquée la nécessité d’un système de missiles et la confirmation que les rebelles en auraient reçu un.
Si les enquêteurs ont présenté la date de ces appels, l'identité de ceux qui prennent part à ces conversations et de ceux les ayant communiquées n'est pas donnée. L’enquête affirme les avoir analysés en toute indépendance, mais la Russie, comme d'autres pays, n’a pas pu participer à l'enquête.
Simulation sur ordinateur et preuves vidéo
Soulignant avoir pu traquer «la majeure partie de la route» du système de missiles depuis la Russie, les enquêteurs n'ont présenté que quelques vidéos et photos dudit système, prises en Ukraine.
La preuve essentielle du chemin emprunté par le semi-remorque doté du Bouk est une reconstitution par ordinateur affichant la route présumée du système de missile dans l’est de l’Ukraine.
Les enquêteurs ont une fois encore souligné l’importance de l’anonymat, voulant par là assurer la sécurité de ceux qui leur ont fourni les matériaux.
Données radar et images satellites

Identifier la localisation exacte du site de lancement du missile Bouk était l’une des tâches principales de l’enquête. Les enquêteurs ont cité des données reçues des Etats-Unis, selon lesquelles le missile ayant abattu le MH17 avait été «lancé depuis un site à six kilomètres au sud du village de Snezhnoye». Ce rapport n’était accompagné d'aucune photo.
Le 26 septembre, la Russie a quant à elle publié les données brutes d’un radar situé en Russie qui n’avait enregistré aucun objet s’approchant du MH17 depuis des territoires sous contrôle rebelle. Moscou a aussi appelé l’Ukraine à publier ses données radar, qui comme le dit le ministère russe de la Défense, n’ont jamais été rendues public.
Type de missile et trajectoire de vol

Les enquêteurs n’ont pu préciser le type exact de missile qui avait abattu le MH17, arguant néanmoins qu'il s'agissait d'un missile Bouk de série 9M-38.
Pour autant, le producteur des Bouk, Almaz Antei, a déclaré qu’il pouvait identifier clairement s'il s'agissait d'un missile 9M-38, déjà déclaré obsolète en Russie après des essais l’année dernière. Cela n’a pas été mentionné dans le rapport de l’enquête.
Enfin, l’enquête a décidé d’étudier un missile américain «similaire» pour modéliser l’impact, mais selon Almaz-Antei, ce missile américain diffère beaucoup du Bouk russe, notamment en termes de trajectoire de vol.