Nommé à la Justice en 1961 par le président Kennedy, Me Clark en est devenu ministre (Attorney General) sous le président Johnson, poste qu'il a occupé jusqu'en 1969. À ce titre, il a dirigé la rédaction et en a assuré l'adoption des deux principales lois sur les droits civiques aux États-Unis, le «Voting Rights Act» de 1965 et le «Civil Rights Act» de 1968.